Pertama, sektor pertanian cukup besar ketergantungannya pada kondisi alam. Perubahan lingkungan alam, umpamanya bencana alam atau serangan hama, relatif sukar untuk diramalkan.

Kedua, infrastruktur perhubungan juga memberikan kendala. Kegiatan pertanian biasanya berlangsung di desa-desa, yang keadaan prasarana jalan dan angkutannya terbatas dan kondisi ini memberikan ongkos besar untuk mengangkut produk-produk pertanian ke pasar di perkotaan.

Ketiga, sebagian besar produk pertanian termasuk komoditas yang tidak tahan lama, karena itu sesegera mungkin harus dipasarkan. Dan keempat, permintaan akan komoditas pertanian tidak elastis, pangan termasuk kebutuhan dasar (basic need) yang apabila sudah tercukupi manusia cenderung tidak menambah permintaan dalam jumlah yang besar.

Kerentanan yang tinggi dari usaha pertanian itulah yang dipakai sebagai alasan untuk melakukan proteksi, yang diasumsikan, warga masyarakat yang sumber nafkahnya bergantung pada pertanian akan dihadapkan pada banyak kendala yang memiliki risiko besar pada tingkat kesejahteraannya.

Di samping itu, apabila usaha pertanian mengalami gangguan, ketahanan pangan (food security) akan ikut terganggu sehingga warga masyarakat yang tidak bertani juga akan dihadapkan pada kekurangan pangan.

Bias perkotaan

Bentuk-bentuk proteksi yang dilakukan di antaranya memberikan subsidi, terutama pada harga sarana produksi, keringanan bea ekspor, dan pembebanan yang besar pada bea impor untuk produk pertanian luar negeri.

Akan tetapi, anehnya, banyak negara sedang berkembang, termasuk Indonesia, memiliki kecenderungan tidak memberikan proteksi pada sektor pertanian ini. 

Sebagai kasus bagaimana sektor pertanian ini diabaikan bisa dilihat dari kebijaksanaan ekonomi makro Indonesia. Di negara kita sektor pertanian dituntut menyediakan komoditas pangan dengan harga pasar yang murah dan stabil, dengan tujuan mengamankan keadaan ekonomi makro, seperti inflasi dan pertumbuhan ekonomi. Juga sudah umum diketahui, sektor pertanian dituntut untuk mendukung sektor industri dan jasa, dengan menyediakan bahan mentah dan baku serta pangan yang murah untuk masyarakat kota.

 Kebijaksanaan mengenai perdagangan yang diterapkan di sektor pertanian adalah dengan mengenakan pajak ekspor yang tinggi. Kebijaksanaan ini tidak memberikan rangsangan untuk meningkatkan produktivitas dan tidak mendorong pada kompetisi dengan produk-produk pertanian luar negeri.

Sebaliknya, pemerintah memberlakukan bea masuk yang sangat kecil bagi komoditas-komoditas pertanian impor. Ini menyebabkan masuknya besar-besaran ragam produk pertanian impor yang kualitasnya relatif lebih baik, tetapi dengan harga murah sehingga mengakibatkan banyak produk pertanian kita kalah bersaing.

 Dengan demikian, sistem perdagangan yang berlaku di sektor pertanian tampaknya lebih memberikan rangsangan pada impor dibandingkan dengan ekspor. Itu berarti kurang memberi insentif kepada para petani untuk lebih giat dalam berusaha, malah menjadi kendala dan cenderung mendorong pada stagnasi usaha-usaha pertanian yang masih didominasi oleh pertanian rakyat yang tradisional yang skala usahanya kecil-kecil.

 Di samping itu, kebijaksanaan perdagangan tersebut lebih memberikan proteksi pada sektor industri yang hampir beberapa kali lebih besar daripada untuk sektor pertanian. Pembebanan pajak ekspor untuk produk-produk manufaktur jauh lebih rendah ketimbang produk- produk pertanian. Kemudian, kebijaksanaan pangan yang dirancang juga lebih memihak kepada konsumen.

Selama tiga dekade lalu, mulai akhir 1960-an sampai pertengahan 1990-an, harus diakui bahwa Indonesia menikmati stabilitas makroekonomi yang baik, tetapi kondisi itu terjadi atas sumbangan besar dari pihak petani. Pendapatan petani memang bisa dikatakan dalam keadaan stabil, tetapi itu berada dalam keseimbangan yang rendah (low equilibrium trap).

 Dalam konteks itulah, tampak bahwa kebijaksanaan perdagangan Indonesia bias pada sektor industri dan jasa yang umumnya kegiatan-kegiatan ekonomi itu berlangsung di perkotaan sehingga sekaligus memihak wilayah perkotaan (urban bias). Dan orientasi yang menguntungkan wilayah perkotaan ini harus dilihat pula dalam kaitannya dengan kebijaksanaan yang lebih memihak konsumen. Sebaliknya, warga desa yang umumnya petani tidak banyak dapat keuntungan dari hasil kerja keras mereka.

Memberi perlindungan

Mengapa negara-negara maju memberikan proteksi, sementara kita menjauhinya, padahal alasan-alasan untuk memberikan perlindungan pada sektor pertanian jauh lebih kuat. Pertama, sektor ekonomi pertanian kita masih digeluti oleh sebagian besar warga masyarakat. Kedua, dinamika sektor pertanian masih terbatas karena penggunaan teknologi yang belum begitu maju.

Ketiga, sebagian besar penduduk yang dikategorikan hidup dalam garis kemiskinan (poverty line) adalah masyarakat petani.

Keempat, infrastruktur yang mendukung proses produksi dan pemasaran, seperti irigasi serta transportasi dan komunikasi, belum memadai. Kelima, terbatasnya akses pada informasi pasar. Sebagian besar petani kita belum memiliki atau menggunakan teknologi untuk pertukaran informasi tentang kebutuhan dan harga-harga komoditas di pasar, kalaupun ada yang memakainya mereka adalah pengusaha-pengusaha pertanian besar (farmers) yang jumlahnya sedikit sekali.

Dengan adanya keterbatasan- keterbatasan tersebut, apabila sektor pertanian tidak diproteksi sudah dapat dipastikan tidak akan mampu berkompetisi dan tidak akan dapat meningkatkan kesejahteraan petani. Fakta mengenai dampak tersebut sudah dialami petani kita, umpamanya petani tebu, petani padi, dan petani bawang merah yang mengalami kebangkrutan akibat harga gula, beras, dan bawang merah impor yang jauh lebih rendah ketimbang harga produk pertanian dalam negeri.

Dalam konteks kebijaksanaan yang langsung memihak pada sektor pertanian itu implementasinya bisa dilakukan dengan berbagai cara. Pertama, dengan memberikan kembali subsidi pada sarana produksi, umpamanya pupuk dan obat-obatan pemberantas hama. Kedua, menyediakan kredit yang murah dan mudah serta tidak birokratis.

Ketiga, pajak ekspor untuk produk-produk pertanian harus diperkecil, malah sedapat mungkin dihilangkan. Keempat, untuk sarana produksi yang belum bisa diproduksi di dalam negeri, perlu pengurangan bea impor atau dibebaskan sama sekali. Kelima, perlu investasi besar bagi pengembangan teknologi pertanian di dalam negeri, termasuk penelitian-penelitian dalam rangka pengembangan jenis-jenis tanaman pangan yang bermutu tinggi dan pengolahan produk- produk pertanian supaya memiliki nilai lebih.